Die erste musikalische Ausbildung erhielt Jens Troester in Frankfurt, Köln, Wien und New York.
Auch zum Studium zog es ihn in die USA: An der School of Music der Indiana University in Bloomington wurde er Korrepetitor und Assistant Conductor des renommierten IU Opera Theater. Hier arbeitete er an Repertoire von Idomeneo bis Wozzeck und gab mit den Opern Suor Angelica und Gianni Schicchi sein erfolgreiches Debüt als Operndirigent.
Nach Stationen an der Oper Kiel, dem Theater Neustrelitz/Neubrandenburg und dem Staatstheater Kassel war Jens Troester fünf Spielzeiten als erster Kapellmeister und Stellvertretender Generalmusikdirektor bei Theater und Philharmonie Thüringen in Gera/Altenburg engagiert. Die letzten zwei Jahre leitete er das 78 Musiker starke Orchester als Kommissarischer GMD, gestaltete den Konzertspielplan, dirigierte die großen Musiktheaterproduktionen sowie eine große Anzahl von Konzerten.
Besondere Aufmerksamkeit erhielt er in dieser Zeit mit einer Reihe deutscher Erst- und Uraufführungen von wiederentdeckten Werken des frühen 20. Jahrhunderts: Die Premieren der Opern Scharlatan von Pavel Haas und Ulenspiegel von Walter Braunfels wurden im Rundfunk übertragen und fanden positives Echo im nationalen und internationalen Feuilleton. In Altenburg etablierte er die Reihe der überaus populären Philharmonischen Schlosskonzerte.
Neben seinen Festengagements am Theater war Jens Troester musikalischer Leiter der Frankfurter Kammeroper, künstlerischer Leiter und Dirigent der Camerata Kiel, sowie Dirigent der Schlossgartenfestspiele Neustrelitz, Deutschlands größten Operettenfestspielen.
Seit 2018 ist er künstlerischer Leiter und Chefdirigent der Neuen Philharmonie Frankfurt. Das junge, aufstrebende Orchester, das sich unter anderem als Tourneebegleiter von Größen wie José Carreras, Deep Purple oder David Garrett einen Namen gemacht hat, spielt unter seiner Leitung klassische Sinfoniekonzerte, große Open-Air-Events und spannende Cross-Over-Projekte.
Als Dirigent von Filmmusik-Konzerten gastiert Jens Troester regelmäßig bei Orchestern im In- und Ausland. Daneben ist er auch als Komponist, Arrangeur und Kammermusiker erfolgreich tätig.